崇禅寺は土岐明智氏（後の妻木氏）の菩提寺として、1354年頃虎渓山永保寺の三世・果山正位によって開山されました。
　1618年に崇禅寺十二代策甫禅師の弟子、清岩禅師が臨済宗妙心寺の中興の祖として開山の後、1658年の城主 藤右衛門頼次の急死による妻木家断絶後も連綿と続き、多くの文化財を有し今日に至っています。